El Colegio Mayor promociona de una manera muy especial todo tipo de deportes, pero especialmente todos aquellos que se practican en el ámbito universitario (Trofeo Rectora de Colegios Mayores y Trofeos internos).
El Colegio tiene actualmente equipos de fútbol 11 masculino, fútbol-sala masculino y femenino, baloncesto masculino y femenino, voleibol masculino y femenino, balonmano masculino, rugby masculino, tenis, tenis de mesa, ajedrez. Se pueden tener equipos de otros deportes y más equipos femeninos si se cuenta con colegiales suficientes para ellos.
El Colegio Mayor Cardenal Cisneros quedó campeón absoluto en el Trofeo Rectora de Colegios Mayores y Residencias Universitarias en los Curso 2015-16, 2017-2018 y 2018-2019.
En el Curso 2016-17 se quedó campeón del II Trofeo Vicerrectorados de la Universidad de Granada en fútbol sala y en el curso 2017-2018, el Colegio Mayor Cardenal Cisneros ha ganado el Trofeo Rectora de Colegios Mayores y Residencias Universitarias en las modalidades de fútbol y balonmano y ha quedado subcampeón en fútbol sala.
En el Curso 2018-19, el nuevo equipo femenino de baloncesto del Cisneros, que se hizo conjunto con el Colegio Mayor Santafé, quedó campeón del Trofeo Rectora de Colegios Mayores y Residencias Universitarias.
También en el Curso 2018-19, el baloncesto masculino quedó subcampeón en el Trofeo Rectora de Colegios Mayores y Residencias Universitarias y en el III Trofeo Vicerrectorados de la Universidad de Granada.
Todas las competiciones oficiales se disputan en las instalaciones de la Universidad de Granada, contando el Colegio con su propio pabellón polideportivo cubierto para entrenar y disputar Trofeos internos
El Colegio Mayor Cardenal Cisneros, cuya Entidad Titular es la Orden de Frailes Menores, O.F.M., Franciscanos, está integrado en la Universidad de Granada conforme a lo dispuesto en las normas legales: L.O.U., Disposición Adicional Quinta y Estatutos de la Universidad de Granada, Artículo 200.
